Frugttræskræft skyldes angreb af svampen Nectria galligena, eller Nectria ditissima (løvtræskræft), da DNA analyse har vist, at det er samme kræfttype, der også kan ramme andre løvtræer.

Det er bedst, at undgå at plante æble i læhegn i nærheden af, hvor man dyrker frugttræer. Æbletræer kræver lys og gode vækstforhold for ikke at udvikle kræft. Et æbletræ i et læhegn, der har fået kræft, kan være en vedvarende smittekilde.